Eskişehirspor, 58 yıllık geçmişiyle TFF 3. Lig 1. Grup takımlarından biri olarak sahasında Entegre Solar Elazığspor'a mağlup olarak, 1965-1966 sezonundan bu yana profesyonel liglere veda etti.
Eskişehirspor, kentin "Anadolu efsanesi" olarak anılan bir kulüp olup, geçmişteki başarılarıyla dikkat çekti ve uzun yıllar boyunca Süper Lig'de mücadele etti.
2007-2008 Sezonunda Süper Lige Yükselmişti
Eskişehirspor, 2007-2008 sezonunda TFF 1. Lig play-off finalinde Boluspor'u yenerek Süper Lig'e yükseldi.
2011-2012 sezonunun ikinci yarısında Ersun Yanal'ın yönetiminde takım, ligi dördüncü sırada tamamlayarak UEFA Avrupa Ligi elemelerine katılma hakkı elde etti. Ancak 2015-2016 sezonunda Süper Lig'de 17. sırada yer alarak TFF 1. Lig'e düştü. 2020-2021 sezonuna kadar bu ligde mücadele eden Eskişehirspor, önce TFF 2. Lig'e, 2021-2022 sezonunda ise TFF 3. Lig'e düştü.
Eskişehirspor, TFF 3. Lig'de geçirdiği iki sezonun ardından sahasında Elazığ temsilcisine karşı oynadığı maçta 6-3 mağlup olarak Bölgesel Amatör Lig'e geriledi.